一、分公司入股合作的行为是否有效?
分公司入股合作的行为是无效的，分公司不可以入股。分公司不是企业法人，因此，不具有法人资格，不能独立承担民事责任，不是能持有股权的民事权利主体。
《公司法》
第十四条 【分公司与子公司】公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
二、分公司具有哪些法律特征?
1、分公司是由总公司依法设立的，分公司的主要业务活动完全由总公司决定，分公司一般是以总公司的名义并根据它的委托来进行业务活动的。
2、分公司没有自己独立的财产，分公司的所有资产全部属于总公司。分公司与总公司在经济是统一核算，其实际占有和使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。
3、分公司不是公司，它的设立不须依照公司设立程序，只要在履行简单地登记和营业手续后即可成立。
4、分公司不独立承担民事责任，没有董事会等形式的公司经营决策和业务执行机关，总公司要对分公司的债务负无限责任。
5、分公司没有自己独立的名称和章程，而只能使用与总公司同样的名称和章程。
三、分公司和子公司的区别有哪些?
1、二者的法律地位不同
子公司具有独立的主体资格，享有独立的法人地位。分公司则不具有独立的民事和商事主体资格，不具有法人资格。子公司是独立的法人，拥有自己独立的名称、章程和组织机构，对外以自己的名义进行活动，在经营过程中发生的债权债务由自己独立承担。分公司则不具备企业法人资格，没有独立的名称，其名称应冠以总公司的名称，由总公司依法设立，只是公司的一个分支机构。因此，子公司作为独立的法人，在法律上其意志是独立的，母公司对子公司的经营管理活动不能进行直接的命令指挥。分公司作为本公司的分支机构，其业务的执行、资金的调动完全受制于本公司。
2、二者的名称称谓不同
分公司不具有独立的名称，子公司有自己独立的名称。分公司名称需要加母公司的名称;子公司可以自行起名称，不需要加母公司的名称。分公司其名称中虽有公司字样，但不是真正意义上的公司。而子公司与一般的公司无异，母公司持有分公司的股份，更多的联系还是存在于利益方面。
3、二者的经营范围不同
分公司经营范围不得超出母公司的经营范围，子公司可以自行选择经营范围，一般无限制。
4、二者设立的程序不同
分公司的设立程序与一般意义上的公司设立程序不同，设立分公司只需办理简单的登记和开业手续。而子公司需要按照正常规定进行申请和设立。子公司由公司股东按照《公司法》的规定设立，应当符合《公司法》对公司设立条件和投资方式的要求。分公司由总公司在其住所地之外向当地工商机关申请设立，属于设立公司分支机构。
5、二者的财产关系不同
在财产关系结构上，子公司虽然有母公司的参与，但仍有属于自己的财产。分公司的财产则全属于本公司，是本公司财产不可分割的组成部分。分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表。而子公司的财产是独立的，与总公司财产无关。另外，分公司与总公司之间的资本转移，因不涉及所有权变动，不必负担税收。
6、与总/母公司的控制关系不同
母公司对子公司的控制必须符合一定的法律条件。母公司对子公司的控制一般不是采取直接控制，更多地是采用间接控制方式，即通过任免子公司董事会成员和投资决策来影响子公司的生产经营决策。而分公司则不同，其人事、业务、财产受总公司直接控制，在总公司的经营范围内从事经营活动。
总的来说，分公司是不能成为公司的股东的，如果具有相应的法律常识，就不能跟分公司签订入股合作协议，但是分公司在法律允许的范围内签订的其他民事合同是具有法律效力的，只不过，分公司经营行为产生的法律后果是由总公司承担的。