格式条款的管辖协议是否有效，要看提供格式条款一方是否尽到提醒义务，如果提供格式条款一方未尽到提醒义务的那么该管辖协议无效，如果提供格式条款一方已经尽到提醒义务的那么该管辖协议有效。
【法律依据】
《民法典》第四百九十六条规定，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。
